Există diferite modalități de prevenire și combatere a musculițelor de oțet.

• este necesară identificarea locurilor în care acestea trăiesc;

Acestea pot fi observate în coșurile de gunoi, în debara sau bucătării, lângă chiuvete sau lângă ferestre, acolo unde sunt depozitate alimente fermentate sau fructe coapte. Gunoiul trebuie acoperit, iar coșul în care este depozitat, trebuie curațat frecvent, asigurându-va că atât partea inferioară, cât și părțile laterale ale coșurilor de gunoi sunt curate, fără urme de alimente sau lichide.

• eliminarea hranei;

În general, musculițele de oțet apar din cauza alimentelor care fermentează. De aceea, este indicată acoperirea alimentelor, depozitarea acestora în containere impenetrabile, dar și verificarea stării acestora, pentru a nu le permite fermentarea.  Recipientele cu bauturi precum vin, bere sau oțet trebuie acoperite pentru a împiedica răspândirea lor. 

• inchiderea surselor de acces.

Metode naturale:

Fără ajutorul unei echipe specializate, eliminarea definitivă a musculițelor poate fi dificilă, din cauză că aceste insecte pot depune până la 500 de ouă pe zi pe orice suprafață, de la alimentele fermentate, până la coșurile de gunoi sau gurile de scurgere. Pentru infestările mici, pot fi realizate capcane cu fructe coapte sau fermentate, așezate într-un borcan, acoperiți borcanul cu folie din plastic, făcând și găuri mici la nivelul foliei. Musculițele de oțet vor fi atrase în vas, dar va fi dificil să iasă. La fel se poate proceda și cu ajutorul vinului, pentru că muștele vor fi atrase de vin, iar odată captive în borcan, se vor îneca și nu vor putea ieși.

Musculițele de oțet își pot face apariția prin sitele de canalizare din cauza umezelii. Pentru a împiedica apariția și înmulțirea lor este recomandat să acoperiți gurile de canalizare. Curățenia atentă, mai ales în zonele intens populate de către acestea, este principalul mod de prevenire. Pentru reducerea numărului de musculițe, pot fi folosite momeli, non-toxice și care se pot aplica în zonele în care se strâng. Capcanele pot fi prevăzute cu adeziv, iar odată atinse, muștele rămân captive. 

Pentru eliminarea completă a musculițelor de oțet este recomandat ajutorul specialiștilor, care vor adopta o alternativă chimică, prin pulverizarea unor insecticide, care vor elimina atât muștele adult, cât și larvele. Având în vedere spațiile unde se realizează dezinsecția (bucătării și cămări) utilizarea insecticidelor trebuie realizată de o echipă specializată.